육상 동물은 허파로 대기 중의 산소를 받아들이지만 물 속의 어류는 대부분이 아가미를 이용하여 호흡한다. 그러나 어떤 종은 창자, 부레를 이용하여 공기 호흡을 하며, 필부도 미약하지만 호흡에 참여한다. 경골 어류에는 입 속 좌우에 4쌍의 아가미가 있고, 아가미덮개로 덮여 있다. 각각의 아가미는 2줄의 새엽(gill filament)으로 구성되어 있으며, 각 새엽은 여러 개의 작은 아가미판으로 되어 있다. 이들은 얇은 상피로 덮여 있으며, 실핏줄을 가지고 있다. 각각의 아가미는 1개의 구부러진 연골로 된 새궁(gill arch)으로 받쳐지고, 새궁의 안쪽에는 새파(gill raker)라는 한 줄의 돌기가 있어 물을 따라 들어온 거친 물질이 아가미의 섬세한 새엽에 부딪치는 것을 막는다.

어류의 대부분은 물을 한 모금씩 들이키지만 아가미실의 물 흐름는 일정하다. 즉, 물고기가 한 입 가득 물을 마시면 아가미뚜껑이 닫혀 물이 빠져나가지 못하며, 입을 닫으면 그 속의 물은 압력을 받아서 아가미실의 지나 아가미 뚜껑을 열고 다시 밖으로 나간다. 물이 아가미 속에서 혈액과 만나면 물 속에 녹아 있는 산소가 얇은 아가미막을 통해 어류의 혈액 속에 들어가서 온몸에 퍼진다.

부레는 기원적으로 호흡 기간과 관계 있으며, 창자가 발달해서 생겨난 것이다. 경골 어류는 대부분 부레로 부력을 조절하는 기능을 가지고, 일부 종은 청각 기관과 연결되어 소리를 증폭하는 기능 및 산소 저장기로서 호흡 기능을 가지며, 페어류는 부레가 2개로 이 부레를 통해 직접 산소를 빨아들이는 것으로 알려져 있다.