어류도 사람과 마찬가지로 뼈대가 있어 몸을 지탱한다. 뼈는 흔히 연골이 라고 하는 물렁뼈와 경골이라고 하는 딱딱한 굳뼈가 있다. 상어나 가오리는 물렁뼈로 되어 있어 연골 어류라 하며, 그 밖에 대부분의 어류는 굳뼈를 가진 경골 어류이다. 어류의 뼈도 다른 척추동물과 마찬가지로 다양한 생활양식에 따라 여러 가지 크기와 모양으로 진화되어 왔다. 따라서 어류의 뼈를 이용하여 그 어류의 조상이 다른 어떤 종류에서 진화되어 왔는가 하는 계통 유연 관계를 연구 하기도 한다.

어류의 뼈대는 크게 머리뼈와 등뼈 및 지느러미뼈의 세 부분으로 나누어진다. 머리뼈에는 뇌가 들어 있고 턱과 아가미가 붙어 있다. 칠성장어와 먹장어 등의 두개골은 모두 연골로 되어 있으며, 한 개의 상자와 같은 모양을 하고 있다. 경골 어류의 두개골은 물렁뼈가 딱딱한 굳뼈로 된 연골성 경골로 복잡한 머리뼈를 형성한다. 경골 어류는 대개 15~16 종류의 뼈가 서로 봉합하여 이루어져 있다. 등뼈는 몸통을 지지하는 뼈로 척추와 갈비뼈가 붙어 있다. 척추는 두개골의 뒤끝에서 꼬리지느러미 끝까지 뻗어 있고, 연골과 경골로 된 많은 수의 척추골이 연결되어 1열로 줄지어 있으며 척추 속의 척수(spinal cord)와 혈관을 보호한다.

척추골은 발생학적으로 최초로 만들어지며, 두개골에서 몸통 부분의 뒤끝까지를 복추골(abdominal vertebra), 몸통의 뒤끝에서 꼬리지느러미를 지지하고 있는 골격까지를 미추골(caudal vertebra)이라 부른다. 척추골의 마디 수는 종을 구분하는 중요한 형질로 이용된다. 꼬리지느러미를 제외하고 근육 속의 연골 혹은 경골로 각 지느러미를 지지한다. 연골 어류는 가슴지느러미와 배지느러미에 각각 견대(shoulder girdle), 요대(pelvic girdle), 등지느러미와 뒷지느러미에 기저연골(basal cartilage)로 구성되어 있으나, 경골 어류는 가슴지느러미, 배지느러미는 각각 견대, 요대, 등지느러미와 뒷지느러미는 신경간극, 혈관간극, 기기골을 총칭하는 담기골(pterygiophore)로 구성되어 있다.