어류의 소화 기관은 입(mouth)으로부터 구강(oral cavity), 인두(pharynx), 식도(esophagus)를 거쳐 위(stomach)와 연결되고, 위에서 유문(pylorus), 작은창자(small intestine), 큰창자(large intestine)에서 항문으로 연결되는 근육기관과 이(teeth), 새파(gill rakers) 등의 포식 기관 및 간, 담낭, 비장, 췌장, 유문수, 직장샘 등 소화액을 분비하는 소화샘으로 구성되어 있다.

먹장어, 칠성장어와 같은 원구류는 턱이 없는 기생성으로 일반 어류에 비하여 소화 기관이 입에서 항문까지 거의 직선 모양으로 단순하며, 피를 흡입할 때 피의 응고를 막기 위하여 혀 밑에 한 쌍의 침샘을 가지고 있다. 그리고 어류는 보통 음식물 통로를 길게 하기 위하여 창자가 굽여져 있는 반면에, 상어는 나선판(spiral vaive) 이 잘 발달되어 음식물 통로를 길게 함으로써 소화를 돕고 있다. 또, 미세한 먹이를 먹는 숭어나 청어는 위가 변형된 모래주머니를 가지고 있으며 보통 초식성 및 잡식성 어류인 어류, 복섬, 날치, 꽁치, 망상어, 놀래기 등은 위를 가지고 있지 않다.