외부로부터 여러 가지 자극을 받아들이고 이것을 받아들이고 이것을 신경계에 전달하는 기관으로서, 시각 기관, 청각 기관, 미각 기관, 촉각 기관, 후각 기관이 있다.결정체 때문이다.

시각기관

1쌍의 눈으로 되어 있으며, 그 크기와 모양은 어류의 종류 및 생태적 습성에 따라 다르다. 어류의 눈은 수중 생활에서 눈의 건조를 방지할 필요가 없기 때문에 눈꺼풀이 없으나 정어리, 매퉁이 및 고등어 등은 투명한 막으로 덮여 있는 기름 눈꺼플(adipose eye lid)과 별상어, 흉상어 등은 순막(nictating membrane)이라고 하는 막이 있어 눈의 아랫부분 또는 전면을 덮을 수 있다.

청각기관

두개골 속에 1쌍의 귀가 있다. 귀는 속귀(inner car)뿐이며, 얇은 막으로 되어 있는 주머미 모양이다.

미각기관

일정한 기관을 갖지 않으나 구강의 표면, 혀, 새궁, 새파 및 피부에 맛봉오리(tastr bud)를 가지고 있어 신맛, 짠맛, 쓴맛 및 단맛 등을 느낄 수 있다. 그리고 어류의 특유한 미각 기관으로서 수염을 들 수 있으며 잉어, 미꾸라지, 메기, 쏠종개, 대구 등에는 수염 표피층에 맛봉오리가 있어 촉각 기관뿐만 아니라 미각 기관의 구실도 한다.

촉각기관

수염, 옆줄 등을 들 수 있다. 메기, 잉어 및 심해 어류는 수염도 촉각 기능을 가지며, 옆줄은 체액이 가득 찬 관으로 자극이 피부의 작은 구멍을 통하여 이 간에 전달괴면 그곳에 있는 젤리 상태의 작은 덩어리가 흔들려 신경을 자극하고 뇌로 전달되어 이를 감지한다. 후각 기관은 코가 있으며 어류의 코는 고등 척추동물과 달리 표피의 함입에 의한 주머니 모양의 비강(nasal cavity)으로 되어 있고, 구강과 연결되어 있지 않은 것이 특징이다.